Египетский музей вырос из египетского отдела в собрании короля Фридриха Вильгельма III, созданного в 1828 г. по рекомендации Александра фон Гумбольдта. Первым руководителем этого отдела, размещавшегося первоначально во дворце Монбижу, стал Джузеппе Пассалаква, купец из Триеста, чья коллекция археологических находок легла в основу отдела. Эта коллекция пополнилась экспонатами, привезёнными из экспедиции Карла Рихарда Лепсиуса в 1842—1845 гг.
В 1850 г. музей получил собственное новое здание, построенное на Музейном острове по проекту Фридриха Августа Штюлера — восстановленный в настоящее время Новый музей. В 1920 г. Джеймс Саймон подарил музею бюст египетской царицы Нефертити, самый известный экспонат коллекции. Саймон финансировал раскопки, которые в египетской Амарне вёл Людвиг Борхардт, и доставил находки в Германию.
Вторая мировая война разделила фонды музея. Новый музей получил в 1943 г. серьёзные повреждения, многие экспонаты сгорели во время пожара. Собрание вывезли на хранение в разные места. Бюст Нефертити пережил войну в шахте солеварни в Тюрингии, а потом был перевезен в Музей Висбадена.
